祖籍山东省恩县。1911年12月6日出生于河北省枣强县。少年时深受母亲的教诲，勤奋读书，热爱劳动。1932年考入燕京大学。1946年负笈英伦，留学利物浦大学，并获哲学博士学位。1949年9月辗转回到祖国，即任燕京大学副教授、教授，兼任清华大学营建系教授。1952年院系调整，燕京大学与北京大学合并后，侯仁之任北京大学副教务长，兼任地质地理系主任，并当选为中国地理学会副理事长兼历史地理专业委员会主任委员。1980年当选为中国科学院学部委员（院士）。 
      侯仁之酷爱祖国的大好河山，又具有忧国忧民的热诚。他以强烈的求知欲和严谨的治学精神，探索并创建了现代历史地理学。北京大学教授杨吾扬在《地理学思想简史》一书中说：“把古代沿革地理改造、更新为科学历史地理学，并纳入近代地理学体系的首创者，是侯仁之。”
      侯仁之对历史地理的研究，主要侧重在城市历史地理，特别是北京城的起源、城址变迁、城市规划等方面。他走出书斋，勇于深入实践，逐步建立起了城市历史地理的理论体系，开创了城市历史地理研究为城市规划建设服务的新方向，并于1994年提出了“北京城市建设中三个里程碑”的思想。与此同时，侯仁之又进行了沙漠历史地理和中外大都市规划建设的比较研究，并发表了一系列著作。1997年上海人民出版社出版了《历史地理的理论与实践》，1998年又由北京大学出版社出版了作为“北京大学院士文库”之一的《侯仁之文集》。
      侯仁之在地理学，尤其是在开创现代历史地理学方面所做出的卓越贡献，使其获得诸多殊荣。1984年，英国利物浦大学授予他荣誉科学博士学位；1999年，美国地理学会(AGS)授予他乔治•戴维森勋章，成为第一个获得这一荣誉的中国人；2001年，美国国家地理学会(NGS)又授予他“2001年度研究与探险委员会主席奖”。这是美国国家地理学会第一次到中国大陆颁奖。该委员会主席皮特•瑞文在颁奖会上这样说：“侯博士是中国学术成果最丰厚、最富有激情的地理学家之一。他坚持出版研究著作，并积极培养年轻的地理学者。他的著作跨越自然科学与社会科学领域。这使他成为当代地理学的世界级领导人物。”
      1984年，侯仁之应邀赴美国康奈尔大学进行学术交流。期间，他得知联合国有一个《保护世界文化和自然遗产公约》和一个政府间的国际合作机构“世界遗产委员会”，其宗旨在于促进世界各国人民之间的合作与相互支持，为保护人类共同的遗产作出积极的贡献。联想到幅员辽阔、历史文明悠久的祖国，侯仁之在经过缜密的思考之后，于1985年4月以全国政协委员的名义，率先起草了一个关于中国应尽早批准加入《保护世界文化和自然遗产公约》和世界遗产组织的书面提案，并邀请阳含熙、郑孝燮、罗哲文三位委员共同签名。1985年11月21日，第六届全国人民代表大会常务委员会第十三次会议批准了这个提案，使我国成为该公约的第89个缔约国。1987年我国首批6项遗产被列入《世界遗产名录》，从此开创了我国有关世界遗产及其保护的事业。1987年10月，侯仁之作为北京市文物古迹保护委员会主任委员，出席了在美国华盛顿举行的“文物古迹与遗址国际会议(ICOMOS) ”第八届大会，并在会上作了题为“新时代的万里长城”的发言。回国途中，侯仁之又应邀出席了在夏威夷举行的“亚洲及太平洋诸岛屿文化遗产国际讨论会(HAPI)”第三次会议。而作为历史文化名城的古都北京，许多具有历史文化标志性意义的遗存，如与北京城的起源有着密切关系的莲花池、金中都的宫苑遗址鱼藻池、元大都城市规划的重要标志万宁桥（后门桥）等，之所以得以留存、维护，侯仁之也功不可没。